(Theo Điều 4, Quyết định số 1268/QĐ-BTNMT ngày 25 tháng 5 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường)

• Văn phòng Trung tâm
• Ban Kế hoạch - Tài chính
• Ban Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế
• Ban Quy hoạch tài nguyên nước
• Ban Điều tra tài nguyên nước
• Ban Quan trắc giám sát tài nguyên nước
• Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Bắc
• Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Trung
• Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Nam
• Trung tâm Cảnh báo và Dự báo tài nguyên nước
• Trung tâm Chất lượng và Bảo vệ tài nguyên nước
• Trung tâm Dữ liệu tài nguyên nước
• Trung tâm Kỹ thuật và Công nghệ tài nguyên nước